Việc dời đô từ Fujiwara-kyō đến Heijō-kyō bắt đầu được đưa ra xem xét từ năm 707 (năm Khánh Vân thứ 4) và đến năm 708 (năm Hòa Đồng thứ nhất) thì nữ Thiên hoàng Nguyên Minh hạ chiếu dời đô: "Kinh đô là nơi tụ hội bá quan, nhân gian tứ hải. Nay xét thấy đất vùng Heijō có ba mặt giáp núi cao, phía nam thông ra biển. Âu cũng là hợp với điềm báo vậy." Có ý kiến cho rằng, sau khi dời đô đến Heijō vào năm 710 (năm Hòa Đồng thứ 3) thì lúc này hầu hết các công trình trọng yếu như Nội điện, Chính điện và nhiều quan xá khác đều đã hoàn thành, còn các công trình còn lại như chùa chiền, đền miếu, phủ đệ,… lại được xây dựng dần dần sau đó, mãi cho đến khi dời đô đến Nagaoka-kyō ở Yamashiro (một trong 5 kuni thuộc vùng lân cận kinh thành Heijō gọi là kinai).

Từ năm 740, do tình hình chính trị bất ổn, Thánh Vũ Thiên hoàng (聖武天皇) đã lần lượt dời đô đến Kuni-kyō ở Yamashiro, Shigaraki-kyō và Naniwa-kyō ở Omi. Đến năm 745 thì lại một lần nữa dời đô trở về Heijō-kyō. Sau đó thì đóng đô trong suốt thời gian 74 năm. Heijō-kyō trở thành một trung tâm chính trị quan trọng của Nhật Bản mãi cho đến khi dời đô đến Nagaoka-kyō vào năm 784 (năm Enryaku thứ 3). Từ sau khi dời đô đến Nagaoka ở Yamashiro thì Heijō-kyō cũng được gọi là kinh đô phương Nam (Nanto).